1938年，原中央研究院天文研究所从南京迁到云南省昆明市东郊凤凰山（现云南天文台台址）。抗战胜利后，中央研究院天文研究所迁回南京，在凤凰山留下一个工作站，该站隶属关系几经变更，1972年经国家计委批准，正式成立中国科学院云南天文台。2001年，经中央机构编制委员会批准，将北京天文台、云南天文台等单位整合为国家天文台。云南天文台保留原级别，并具有法人资格。云南天文台是国家首批博士学位、硕士学位授予点，设博士后流动站。现有一台两站（台本部、抚仙湖太阳观测站和丽江天文观测站）。设13个研究团组：大样本恒星演化研究团组、恒星物理研究团组、高能天体物理研究团组、天体测量技术及应用研究团组、双星与变星研究团组、系外行星研究团组、射电天文与VLBI研究团组、太阳活动和CME理论研究团组、光纤阵列太阳光学望远镜研究团组、天文技术实验室、应用天文研究组、选址与日冕观测组、自由探索组。
中国科学院云南天文台坐落在中国云南省省会——昆明，是首批进入中科院知识创新工程的综合性研究所，中国南方最大的天文实测基地，中国科学院下属的5座天文台之一。
1938年，原中央研究院天文研究所从南京迁到云南省昆明市东郊凤凰山（现云南天文台台址）。1972年，经国家计委批准，正式成立中国科学院云南天文台。
截至2015年6月，云南天文台有正式职工240人，其中科技人员为210多人。科技人员装研究员和正高级工程师30多人，副研究员和高级工程师50多人。有博士研究生60多人，硕士生60多人，在站博士后5人。 截至2015年8月，云南天文台已是由一个园区（凤凰山园区）、二个观测站（丽江高美古天文观测站、澄江抚仙湖太阳观测站）组成，占地700余亩的综合性天文研究机构
1937年7月7日，卢沟桥事变爆发。同年8月13日，国民政府下令各机关精简机构，疏散职员，准备应变。当时的国立中央研究院下属的天文研究所，也在这次精简之列。因为此项命令，天文研究所先是搬到了湖南衡山南岳寺，继而迁往广西桂林。
1938年2月，最终辗转迁到昆明。到达昆明后，天文研究所先把办事处设在了昆明晓东街20号。当时的天文研究所所长余青松等人在走访了昆明四周的郊区后，最终选定了昆明东郊凤凰山。
1938年8月，新的国立中央研究院天文研究所在凤凰山开工建设，至1939年2月27日建成完工，并由所长余青松将“国立中央研究院天文研究所”改名为“凤凰山天文台”。
抗战胜利后，中央研究院天文研究所迁回南京，并在凤凰山留下一个工作站。
1950年，新中国开始恢复经济建设，一架130mm赤道式折射望远镜被调拨到凤凰山，并为此新建了观测室。随着南京的天文所更名为“紫金山天文台”，昆明的凤凰山观测室也相应地更名为“中国科学院紫金山天文台昆明工作站”，简称“昆明天文站”，由紫金山天文台与云南大学双方共管。
1972年，经国家计委批准，“昆明天文站”正式更名为“中国科学院云南天文台”，并于1975年扩建为综合性的天文台。
20世纪80年代，由德国引进的1米光学望远镜一台，1.2米国产地平式光学望远镜一台。
2001年，经中央机构编制委员会批准，将北京天文台、云南天文台等单位整合为国家天文台，云南天文台保留原级别。
2006年，从英国引进的2.4米光学望远镜一台，用于承担探月工程地面数据接收任务的国产40米射电望远镜一台。
2015年5月，抚仙湖太阳观测站新建的一米新真空太阳望远镜通过成果鉴定。
科研仪器
截至2015年11月，云南天文台拥有的主要设备包括：上世纪80年代由德国引进的1米光学望远镜一台，1.2米国产地平式光学望远镜一台，2006年从英国引进的2.4米光学望远镜一台，用于承担探月工程地面数据接收任务的国产40米射电望远镜一台，建有抚仙湖太阳观测站的一米新真空太阳望远镜等。
馆藏资源
据2016年11月天文台官网显示，中国科学院云南天文台图书馆可共享中国科学院文献情报中心的馆藏资源，截至2009年8月，中国科学院文献情报中心馆藏图书1145余万册（件）。 中国科学院云南天文台图书馆拥有的电子资源有Annual Reviews、IOP、OUP、EDP 、SCIENCES、SPIE、ASP、NATURE、AIP、SPRINGER、CAMBRIDGE、wiley、AGU、elsevier sciencedirect、APS、IEEE、OSA、EGU、worldscientific、royalsocietypublishing等英文数据库 ，拥有ASPCS、SPIE、IAUS、IAUC、PIAU、AIP、EPJ、ASSP等会议文集；拥有方正数据库、CNKI数据库、维普数据库、PQDT学位论文全文数据库、科学文库数据库、全球产品样本数据库、中国资讯行搜数网数据库、国研网数据库等中文数据库。
据2016年11月云南天文台官网显示，云南天文台设大样本恒星演化研究团组、恒星物理研究团组、高能天体物理研究团组、天体测量研究团组、双星与变星研究团组、系外行星研究团组、射电天文与VLBI研究团组、太阳爆发现象和CME研究团组、光纤阵列太阳光学望远镜研究团组、天文技术实验室、自适应光学在应用天文中的研究团组、选址组、自由探索组等科研部门，并设有两大天文观测研究基地，拥有1个中国科学院重点实验室。
天文观测研究基地：抚仙湖太阳观测基地、丽江天文观测站（南方基地）
中国科学院重点实验室：中国科学院天体结构与演化重点实验室
截至2015年6月，云南天文台有正式职工240人，其中科技人员为210多人。科技人员中研究员和正高级工程师30多人、副研究员和高级工程师50多人。有中国科学院院士1人，中国科学院“百人计划”入选者1人，国家杰出青年基金获得者3人。
中国科学院院士：黄润乾
中国科学院“百人计划”入选者：刘煜
国家杰出青年基金获得者：李焱、韩占文、钱声帮
截至2015年11月，云南天文台与英国剑桥大学和牛津大学、美国国立天文台、德国马普学会、日本国立天文台、南京大学、北京师范大学等许多著名天文研究机构，在天文学观测与研究、望远镜及其终端设备研制、天文新技术研究等方面建立了合作关系。
截至2015年7月，云南天文台以面向天文学科前沿为导向，在Nature、Science、APJ、MNRAS、A&A、AJ、SPIE等各类SCI和EI刊物发表原创性学术论文近千篇。大样本恒星演化理论研究成果写入Springer等出版社出版的33本教科书和专著。，共获得授权专利20余项。
截至2015年11月，云南天文台获省部级及以上科技成果奖18项，其中国家自然科学奖二等奖1项、云南省特殊贡献奖（云南省最高科技奖励）1项、月球探测工程特殊贡献奖1项。2007年，黄润乾院士获《云南省科学技术奖突出贡献奖》（云南省最高科学奖励）。2014年2月，由中国科学院云南天文台韩占文、陈雪飞、孟祥存、王博等完成的成果“大样本恒星演化与特殊恒星的形成”获2013年国家自然科学二等奖。2007年至2014年，云南天文台在SCI刊物发表研究论文650余篇。
《天文研究与技术》创刊于1977年，经国家新闻出版总署批准，由中国科学院主管，中国科学院国家天文台主办的学术性刊物。由云南天文台和云南省天文学会承办，原刊名《云南天文台台刊》，2004年正式出版。
《天文研究与技术》主要刊登天文学及相关学科的观测研究、实测技术和方法、专题述评等方面的学术论文、以及有关天文新发现的研究快讯。2004年经《中国知识资源总库》专家委员会审核，入选为“中国科技期刊精品数据库”。设有恒星物理、太阳物理和射电天文、天体力学与天体测量、天文技术与方法、天文学史等栏目。
1972年，专门设计和建设了面向社会公众，特别是面向广大青少年学生开展科普活动的专用设施——科普楼，并一直使用。80年代以后，云南天文台成立了专门的科普部门，并设有专人专职开展科普工作。1997年底，云南天文台被云南省政府首批遴选为“云南省科学普及教育基地”，并挂牌立碑。
1999年11月，在中国科协开展的创建全国科普教育基地的工作中，经过全国性学会、省级科协推荐，通过专家评审，云南天文台成为首批由中国科协命名的“全国科普教育基地”。12月经科技部、中宣部、教育部和中国科协聘请的专家组成 “ 全国青少年科技教育基地 ” 评审委员会评审，云南天文台被首批命名为 “ 全国青少年科技教育基地 ” ，并颁发资格证书和牌匾。
2005年2月，中央文明办、教育部、科技部、共青团中央、全国妇联、中国科协联合对在加强和改进未成年人思想道德建设过程中，进行青少年校外活动基地进行评选，云南天文台亦首批入选，命名为“全国青少年校外活动示范基地”，颁发了证书和匾额。
截至2010年7月，有来自全国各地的上百万社会公众和青少年学生到云南天文台科普基地参加科普活动，学习科普知识。云南天文台科普基地举办过许多大型天象科普活动，如1986年哈雷彗星回归、1994年彗木相撞、1997年海尔－波普彗星观测、1999年－2000年流星雨、1980年云南日全食等。拥有天象厅、科普楼、太阳历广场和大型赤道式日、40米射电望远镜、中国古天文展厅和云南少数民族历法展厅、中国古天文展厅和云南少数民族历法展厅、“探月工程——中国人的光荣与梦想”科普展等天文科普活动场所和设施。
云南天文台自1982年开始招收研究生，是天文学一级学科单位。截至2015年8月，天文台设有包含2个二级学科博士点在内的3个学术型学位的硕士点与博士点、1个专业型学位硕士点，1个天文学博士后流动站。
教学概况
截至2015年6月，云南天文台有博士研究生60多人，硕士生60多人，在站博士后5人。
学制学位
博士研究生：博士研究生按招考方式分为公开招考和硕博连读二种类型。公开招考博士研究生基本学制一般为3年，最长修读年限（含休学）不得超过6年；硕博连读研究生，在第二学年经转博考核通过后，录取为博士研究生，进入博士学习、培养阶段。硕博连读研究生基本学习年限一般为5年，最长修读年限（含休学）不得超过8年。
硕士研究生：硕士研究生培养采取“两段式”的培养模式，包括课程学习和科研实践两个阶段；实行导师或导师小组负责制。硕士研究生入学后第一年在中国科学技术大学等集中参加课程学习，期间遵循《中国科学院研究生院研究生课程集中教学管理规定》，完成基础理论和专门知识的学习；第二年开始进入导师所在的研究室，依托导师所在单位的科研项目、科研条件和科研设施，进行科研实践和开展学位论文工作，培养研究生科学研究能力或独立承担专门技术工作能力。实行基本学制基础上的弹性学制，硕士研究生基本学习年限一般为3年，最长修读年限（含休学）不得超过4年。
教学成果
截至2015年7月，云南天文台共撰写专著11部；介绍恒星结构和演化的专著6部，成为中外研究生主要教材之一，其中2部获中科院教学成果二等奖。
台徽
图案以圆形构成，中间星云状的分割象征宇宙的深邃、虚幻，两个半圆形的旋转体巧妙构成了一个镜头，具有明显的行业特征，另一方面也是两只抽象孔雀造型的组合。
主色调为孔雀绿，显现出浓郁的地方特色。
座右铭
正心问天，寻道兴文。
截至2016年9月，云南天文台研究生会组织过迎新、春游、秋游、元旦联欢、主题征文比赛、送温暖·献爱心、爱劳动·庆五一、我心中的中国科学院院史知识竞赛等活动。
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