市场秩序司主要职能：牵头建设、完善国内贸易市场监管体系，规范市场交易行为，营造法治化营商环境；提出规范市场秩序的立法建议，起草相关法规、规章、规划、标准，拟定有关政策；牵头全国整顿和规范市场经济秩序的相关工作，建立健全督查督办和评估考核体系，组织开展专项整治，打击扰乱市场秩序的行为；维护公平竞争秩序，清除市场壁垒，牵头消除地区封锁、打破行业垄断的有关工作，推动建立统一开放、竞争有序的现代市场体系；推进商务诚信建设，促进信用销售和信用服务业发展，规范商业信用支付行为，建立市场诚信公共服务平台；承担流通领域食品安全相关工作，推动追溯体系建设，按职责分工管理药品流通并牵头综合工作；推进商务行政执法，开展执法检查和重大案件督办，建设和管理市场秩序举报投诉服务网络；规范商贸企业交易行为，推动各类无店铺销售规范发展，负责直销管理及内资直销企业的市场准入；承办部领导交办的其他事项。