中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年，其前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)，目前是我国唯一的从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机构。
中国科学院南京地质古生物研究所（Nanjing Institute of Geology and Palaeontology，CAS）位于南京市玄武区北京东路39号，其前身为1913年成立的中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室（组）；1951年5月7日组建；1959年4月，改名为中国科学院地质古生物研究所；1971年3月，改名为中国科学院南京地质古生物研究所 。
中国科学院南京地质古生物研究所是中国唯一从事古无脊椎动物学和古植物学研究的专业机构，也是亚洲最大的古生物学研究所，被誉为“世界三大古生物研究中心”，主要从事古无脊椎动物学、古植物学、地层学、沉积学、分子古生物学等基础理论研究 。
据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所共有1个国家重点实验室、1个中国科学院重点实验室；共有在职职工147人，68位在读研究生和十余位博士后及外籍访问学者。
中国科学院南京地质古生物研究(9张)
1950年8月24日，中央人民政府政务院第47次会议决定，以前中央研究院地质研究所古生物组、前中央地质调查所古生物室、前中央地质调查所北平分所古脊椎动物室为基础，组建中国科学院古生物研究所。同年8月25日，周恩来总理签发任命通知书，任命李四光为所长，赵金科、卢衍豪为副所长。1951年5月7日，中国科学院古生物研究所正式成立，所长李四光，代理所长斯行健，赵金科、卢衍豪为副所长。
1952年8月18日，中国科学院院长会议决定，该所在京的古脊椎动物室归中国科学院直接领导。
1959年4月1日，中国科学院决定该所改名为中国科学院地质古生物研究所。
1971年3月，中国科学院决定该所改名为中国科学院南京地质古生物研究所。
1998年8月，成为中国科学院首批知识创新工程试点单位。
2011年，成为首批“创新2020”整体择优支持的研究所。
设施设备
科研装备(4张)
据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所共有同位素质谱仪、气相色谱质谱仪、场发射扫描电镜、能谱仪、透射电镜、软X射线透射仪等十几台（套）大型仪器实验设备，实现中科院大型仪器网络共享 。主要大型仪器设备有LEO1530VP扫描电子显微镜、X-射线能谱仪（EDS）、JEM-1230透射电子显微镜、VIX-M150软X射线透射仪、ABI Prism 310型全自动DNA遗传分析仪、TSQ Quantum GC气相色谱三重四极质谱仪、Thermo－Fisher MAT 253同位素质谱仪 。
馆藏资源
据2015年12月研究所图书馆官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所图书馆共有外文现刊370余种（包括交换和赠阅），中文现刊近150种；馆藏国内外地层及古生物学科的书刊约26万册（期），其中期刊2500余种、20余万册（期）。
中国科学院南京地质古生物研究所
据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所共有在职职工147人，包括中国科学院院士4人（专职）、研究员40人、副研究员及高级工程技术人员39人；其中有8位学者先后获得国家自然科学基金委“杰出青年基金”资助，8位学者获得中国科学院“百人计划”资助，4位学者获得科技部973项目“首席科学家”称号。中国科学院院士（4人）：周志炎、戎嘉余、陈旭、沈树忠
国家杰出青年基金获得者（8人）：孙卫国、杨群、沈树忠、王向东、袁训来、朱茂炎、詹仁斌、沈延安
中国科学院“百人计划”入选者（8人）：杨群、朱茂炎、孙卫国、王向东、沈树忠、詹仁斌、袁训来、林日白
973计划项目首席科学家（4人）：穆西南、戎嘉余、沈树忠、朱茂炎
李四光地质科学奖获得者（1人）：沈树忠
据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所共有1个国家重点实验室、1个中国科学院重点实验室以及一个基础研究部（下设三个所研究室）。
国家重点实验室（1个）：现代古生物学和地层学国家重点实验室
中国科学院重点实验室（1个）：资源地层学与古地理学院重点实验室
所研究室（3个）：古无脊椎动物学研究室、微体古生物学研究室、古植物学与孢粉学研究室
中国科学院南京地质古生物研究所
据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所在建所以来，共在科学刊物上发表论文8000余篇、各种科技专著380余册；在古生物分类研究中，建立1500多个新属，12000多个新种；自1956年以来，有200余项科研成果获得国家、中国科学院及省部级奖励，其中27项获国家级奖励，特别是在早期生命起源和寒武纪大爆发、重大地史时期生物的辐射、灭绝与复苏、全球界线层型、早期植物的起源与演化等领域获得了一系列研究成果。重大研究成果举例：
1、六亿年前最早的地衣化石（Science，2005）、前寒武纪两侧对称动物演化的证据（Science，2006）以及6.32亿年前动物休眠卵化石（Nature，2007）等重大发现连续三年被评为“中国基础研究十大新闻”。
2、“澄江动物群与寒武纪大爆发”（与云南大学、西北大学合作）获得2003年度国家自然科学奖一等奖。
3、“全球二叠系-三叠系界线层型研究”（与中国地质大学合作）获2002年度国家自然科学奖二等奖。
4、“寒武系和奥陶系全球层型剖面和点位（金钉子）及年代地层划分”获2008年度国家自然科学奖二等奖。
5、“中国的乐平统和二叠纪末生物大灭绝”获得2010年度国家自然科学奖二等奖。
据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所共编辑出版有《古生物学报》、《地层学杂志》、《微体古生物学报》、《Palaeoworld》和《生物进化》等期刊。
《古生物学报》
《古生物学报》于1953年5月创刊，是古生物学及其相关的生物地层学综合性学术刊物，由中国古生物学会主办，中国科学院南京地质古生物研究所承办，主要刊载古生物学及其相关学科的原创性研究论文、报道古生物学动态和学术讨论，介绍古生物学研究的新技术、新方法的应用，以及对重要古生物论著的简介和评述等；是《化学文摘（美）》、《日本科学技术振兴机构数据库（日）》、《中国科学引文数据库》来源期刊。
《地层学杂志》
《地层学杂志》创刊于1966年，是地层学及与其相关的地质学、沉积学、古地理学、古生态学、古气候学研究的学术性期刊，是科技部中国科技信息研究所“中国科技论文与引文数据库”、“中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）”收录期刊；中国科学院文献情报中心“中国科学引文数据库”核心期刊；《中文核心期刊要目总览》地质学类核心期刊；以下《中国地质文摘》、英国《动物学记录》、日本《科学技术文献速报》、美国《石油文摘》、美国《地质学题录与索引》、美国《乌利希国际期刊指南》检索系统收录。
《微体古生物学报》
《微体古生物学报》是亚洲地区惟一的一份在微体古生物学方面的学术刊物，于1984年创刊，主要刊登微体古生物学的最新研究论文，学术研究动态和学术思想的讨论；被《中国地理科学文摘》、《中国生物学文摘》、《全国报刊索引》、《生物科学信息》、《古生物学文摘》、《中国地质文摘》、《Science Citation Index》、《Bibliography and Index of Geology》、《BIOSIS PREVIEWS》等收录。
《Palaeoworld》
《Palaeoworld》期刊由中国科学院南京地质古生物研究所现代古生物学和地层学国家重点实验室主办，主要发表以中国及其周边地区为主的古生物学、地层学及其相关学科的研究成果；自2006年开始由出版社Elsevier出版，从2013年起成为SCI刊物，被Web of Science Core Collection数据库收录。
《生物进化》
《生物进化》原名《古生物学文摘》，2006年起更名改刊为《生物进化》，被中国知网、维普中文期刊、中文科技期刊数据库收录，是ASPT来源刊、中国期刊网来源刊。
中国科学院南京地质古生物研究所(3张)
据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所是国务院学位委员会首批博士学位、硕士学位授予点，共有四个专业二级学科硕士研究生培养点，三个二级学科博士研究生培养点以及建有两个博士后科研流动站。二级学科硕士点（4个）：古生物学与地层学、地球生物学、地质工程、“矿物学、岩石学、矿床学”
二级学科博士点（3个）：古生物学与地层学、地球生物学、“矿物学、岩石学、矿床学”
博士后科研流动站（2个）：古生物学（古无脊椎动物学与古植物学）、地层学
据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所共有68位在读研究生和十余位博士后及外籍访问学者；该所先后共有1人获中国科学院院长奖学金特别奖，1篇入选江苏省2013年度优秀博士论文，1篇入选江苏省2015年优秀硕士论文。
中国科学院院长奖学金特别奖获得者（1人）：王博（2009年）
江苏省2013年度优秀博士论文：王亚琼（辽西早白垩世非海相介形类的分类学、生物地层学和古生态学）
江苏省2015年优秀硕士论文：唐卿（安徽省淮南地区新元古代刘老碑组有机质壁微体化石）
南京地质古生物研究所所徵
1、上方的三叶虫和下方的树叶表示该所学科方向为古无脊椎动物和古植物学研究；2、中间所名中“中国科学院”五字系中国科学院首任院长郭沫若手迹，表示要继承中科院的优良传统；
3、背景为地球经纬线，其一寓意该所以地球为研究对象，其二寓意该所研究方向是全球性的，其三寓意该所的科研水平是世界一流的；
4、外圈是本所英文名称，表示该所科学家与国际同行开展广泛的学术交流；
5、最下方“1951”表示该所正式成立的年代。
所训
中国科学院南京地质古生物研究所(2张)
求真求实，争创世界一流。所风
务实、求真、严谨、创新
中国科学院南京地质古生物研究所科学家开展青藏高原综合科学考察(6张)
2019年5月至9月，中国科学院南京地质古生物研究所多位科学家陆续赴西藏和巴基斯坦执行第二次青藏高原综合科学考察研究“深时特提斯生物与环境演变”专题的科考任务。科考旨在通过青藏高原及邻区多个地区的考察，研究青藏高原深时生物多样性、建立青藏高原各地块详细的生物地层和年代地层格架、揭示深时古生物、古地理和和古环境的内在联系。
2021年该所研究人员联合其他科研团队在重庆秀山县发现了4.3亿年前志留纪时期的板足鲎一新属种：秀山恐鲎。相关成果已发表在国际期刊《科学通报》（英文版）上。
咟喥咟萪