甘肃教科院是甘肃省教育厅直属事业单位，是全省从事教育科学研究（包括教学研究）与管理的省级综合性专门研究机构。前身是1956年由甘肃省教育厅在教育视导室基础上设立的省教学研究室。甘肃教科院内设义务教育研究所、学前与高中教育研究所、高等与职业教育研究所、德育与心理健康研究所、教育政策与发展研究所、教育科学规划研究所、教育评估与监测研究所、教育技术应用研究所、教师发展研究所、《教育革新》编辑部、财务室、办公室（党办）等12个部门。
甘肃省教育科学研究院成立于2018年2月28日，前身是始建于1984年的甘肃省教育科学研究院，是甘肃省教育厅直属事业单位。
甘肃省教育科学研究院始建于1984年，是甘肃省教育厅直属事业单位，加挂甘肃省基础教育教学研究室、甘肃省中小学心理健康指导中心、甘肃省基础教育质量监测中心，是全省基础教育教学业务管理、教育教学研究和指导学科教学工作的专业职能部门。并负责甘肃省教育学会、甘肃省教育科学规划领导小组办公室的日常管理工作。 全院现有在职人员46人，正高级教师1人，高级教师25人。另外还聘请了一批所外学者、专家、优秀教师为兼职研究员。实行院长负责制，现任院长兼党委书记靳建设，副院长弋文武，副院长王宗信、副院长秦志功。
2018年2月28日，甘肃省教育科学研究院举行成立揭牌仪式。
甘肃省教育科学研究院由甘肃省教育科学研究所更名而来，此次更名，旨在加强我省教科研机构与上级教育科研部门的合作交流，增强教育科研服务行政决策的水平和能力。
甘肃省教育科学研究院创建以来，始终侧重于教育科学应用研究、学科教学业务管理及教育科研宏观指导，为教学改革和发展提供了良好的服务，作出了积极的贡献。
进入新时代，甘肃省教育科学研究院以研究甘肃教育改革和发展的理论与实践重大问题为中心任务，努力提升为全省教育行政决策服务和为基层教育教学实践服务的能力，以建设西部教育强省为工作重点，重院风建设，重素质提高，进一步创新体制机制，理顺工作关系，强化教育教（科）研的职能和效能，加强应用研究和成果推广，不断拓宽工作领域，为甘肃教育尤其是为甘肃基础教育教（科）研提供强有力的支撑和服务。
院长兼党委书记:靳建设
副院长:弋文武
副院长:王宗信
副院长:秦志功
院内设有：办公室、科研管理处、编辑室、义务教育研究室、教育决策与教育发展研究室、教育信息研究室、高等教育与比较教育研究室、高中教研室、学前教育研究室和财务室。
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